Radyoterapinin tümör hücrelerini yok eden veya zarar veren dozları bazı normal hücrelere de bir miktar zarar verebilir. Tedavinin yan etkilerinin nedeni radyasyonun bu normal hücreler üzerindeki olumsuz etkilerinden kaynaklanır. Bu yan etkilerin çok büyük bir kısmı tedavi bittikten çok kısa bir süre sonra kendiliğnden veya uygun ilaçlar kullanılarak ortadan kalkabilmektedir. Radyoterapinin çoğu yan etkisi çok iyi bilinir ve doktor, hemşire ve diğer personelin yardımı ile kolayca tedavi edilebilirler. Tümör hücrelerini yok etmenin getireceği yararlara kıyasla, genellikle kabul edilebilecek düzeyde yan etki ihtimali her zaman olabilmektedir.
Tedavi sırasında kullanılan radyasyon sadece tedavi odasında etkili olup, hastanın tedavisi bittikten ve tedavi odasından çıktıktan sonra etrafa radyasyon saçmamaktadır. Bu nedenle radyoterapi uygulanan hastalar çevresi için herhangi bir radyasyon riski taşımamaktadır.